第137回日本森林学会大会 発表検索
講演詳細
遺伝・育種部門[Forest Genetics and Tree Breeding]
| 日付 | 2026年3月18日 |
|---|---|
| 開始時刻 | 10:30 |
| 会場名 | 303 |
| 講演番号 | F-6 |
| 発表題目 | ブナ科植物スダジイとカクミガシのハプロタイプレベルでのゲノム解読 Haplotype-Resolved Genome Assembly in Fagaceae Species Castanopsis sieboldii and Trigonobalanus verticillata |
| 所属 | 九州大学 |
| 要旨本文 | 植物が放出する揮発性有機化合物(BVOC)は、大気中でエアロゾルを形成し、放射収支や降水パターンを変化させる。BVOCは、同属でも種ごとに化学組成や排出量に違いがあり、多様性が注目されている。本研究は、スダジイとカクミガシのハプロタイプレベルでのゲノム解読を行い、ハプロタイプ上の遺伝子と発現の違いを調べる。Pacific Biosciences社製Revioで得られたHiFiリードをアセンブルし、スダジイにおいて12本の染色体に対応するprimary(総延長929.0Mb)、haplotype1(877.8Mb)、haplotype2(888.8Mb)を得た。Braker3で遺伝子を予測した結果、primaryでは32,315、haplotype1では30,868、haplotype2では31,023の遺伝子が予測され、それぞれで61、56、48個のテルペン生合成遺伝子(TPS-b)候補を見出した。カクミガシでは、825本のprimary(1357.5Mb)、1,112本のhaplotype1(1177.4Mb）、747本のhaplotype2(999.1Mb)のコンティグ配列を得た。今後は、他のブナ科植物とのTPS-b遺伝子の違いを調べ、季節変動におけるTPS-bの発現と共発現する遺伝子群を探索し、イソプレン放出能力の違いに関する遺伝的背景を明らかにする。 |
| 著者氏名 | ○實下愛梨1 ・ 金相完2 ・ 田島直幸3 ・ 磯部祥子4 ・ 佐竹暁子5 ・ 平川英樹2 |
| 著者所属 | 1九州大学農学部 ・ 2九州大学大学院農学研究院 ・ 3かずさDNA研究所先端研究開発部 ・ 4東京大学大学院農学生命科学研究科 ・ 5九州大学大学院理学研究院 |
| キーワード | ブナ科, ハプロタイプゲノムアセンブリ, テルペン生合成, BVOC, アノテーション |
| Key word | Fagaceae, Haplotype genome assembly, Terpene biosynthesis, BVOC, Annotation |